مضرات و مشکلات عمده استفاده از کود دامی نپوسیده عبارتند از:
۱.بسیاری از کودهای تازه حیوانی منابع زمستانگذرانی #حشرات آفت هستند و به این طریق به مزرعه راه میابند
۲.وارد شدن بذر علف های هرز و بیماری ها به زمین
۳.آزادسازی آمونیاک و تجمع آن اطراف ریشه از طریق تجزیه ی سریع مواد ازته
۴.کاهش میزان ازت اولیه به دلیل استفاده موجودات ذره بینی از ازت برای تجزیه کود
۵.قسمت های زیادی از ازت داخل کود های تازه قابل حل در آب می باشند. یا چنانچه کنترلی در نگهداری آن نشود ازت به صورت گاز هدر می رود.
۶.درصد بالای املاح دارای نمک در کود که از طریق ایجاد پتانسیل اسمزی و با مسمومیت مستقیم گیاه مساله ساز میشود